@Ogino 様
QuickSight Communityにご質問いただき、ありがとうございます！
ご認識の通り、集計した数値と未集計の数値を比較することはできません。ただ、LAC（レベルアウェア計算）関数を使用すると、ビジュアル集計を実施する前に集計計算を実施することでき、その比較をすることができるようになります。どのようなビジュアル設定でご利用いただくのかわからないので、いただいた情報からのみの推測にはなりますが、以下のような計算式で対応できないでしょうか？
ifelse(percentileOver(distinctCountOver(日時, [{来店者の識別番号}],PRE_AGG), ${閾値パラメータ}, [], PRE_AGG) <= distinctCountOver(日時, [], PRE_AGG), 'A', 'C')
また、LAC関数については、以下にブログがあります。
以下のワークショップでも、LACについては体験いただけるようになっております。